Ferðafélag Íslands starfar eftir gæðakerfi í samræmi við Vakann, gæðavottun Ferðamálastofu. Gæðahandbókin nær yfir almennan rekstur félagsins, skrifstofu þess, fjármál, starfsmannahald og ferðir. Í handbókinni eru að finna ítarlegar viðbragðs - og öryggisáætlanir ásamt starfsmanna- og umhverfisstefnu og fleira sem snýr að rekstri félagsins. Ferðafélag Íslands rekur ekki rútuþjónustu eða siglingar en á samstarf við viðurkennda aðila um slíka þjónustu.
Gæðakerfið nær ekki til starfsemi deilda félagsins, enda eru þær sjálfstæðar í öllum sínum rekstri og bera ábyrgð á sinu starfi. Skálarekstur og gistiþjónusta er ekki hluti af gæðakerfi Vakans og því nær þessi handbók ekki til þeirra þátta.
Félagið hyggst endurskoða og uppfæra gæðakerfið reglulega í samræmi við úttektir Vakans.